由于喉返神经和甲状旁腺在解剖位置上与甲状腺毗邻，因此在甲状腺癌的手术中两者也最容易受到损伤。
1.喉返神经损伤喉返神经主要支配双侧声带的运动，因此喉返神经受损会引起声带麻痹。单侧声带麻痹主要表现为声嘶，饮水呛咳等表现。单侧声带麻痹一般可以保守治疗半年，若声音嘶哑无改善可以考虑行神经修复手术;双侧声带麻痹比较复杂一些，一旦出现双侧声带麻痹，术中即可能出现呼吸困难，需要进行气管切开，也有的患者是进行性加重的呼吸困难，有条件的患者可以采用膈神经联合修复的方法恢复声带的运动，无法进行上述手术的患者可采取开大声门的手术方式。
2.甲状旁腺损伤甲状旁腺损伤可导致低钙血症，会引起手脚麻木，抽搐等表现。如果术中甲状旁腺保留完好或者部分损伤，一般出现的低钙血症为暂时性，可对症补充钙剂;而对于甲状旁腺严重损伤的患者可能会出现永久性低钙血症，则需长期服用维生素D及钙剂，无法纠正者可能需要补充甲状旁腺激素或者进行甲状旁腺移植
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