甲状腺恶性肿瘤，根据病理类型分为乳头状癌、滤泡性癌、髓样癌、未分化癌、淋巴瘤和转移瘤。其中低度恶性的，包括乳头状癌、滤泡性癌，占到92%左右。三年存活率90%以上。这类低度恶性的肿瘤组织可以摄取碘，即使有转移，不管转移到身体哪个部位，都可以用同位素（放射性碘）杀掉。
滤泡状瘤和滤泡状癌用细针穿刺方法是分辨不出来的，只有通过活检才能观察到是否突破包膜从而分辨。而且即使是滤泡状瘤，什么时候会突破包膜也没有办法预测。所以，只要是滤泡性的，不管是瘤还是癌，都建议手术。对于乳头状癌，需不需要手术，一直存有争议。
一方认为知道病理结果为恶性，如果不手术很容易有长期心理负担；并且如果出现转移，需要用同位素治疗，治疗之前还是得先手术。所以他们认为只要确定是恶性的就一定要手术。
而另一方认为，发现一个甲状腺癌就手术一个，这是过度医疗。因为根据日本一项研究，甲状腺乳头状癌5年转移率1%，10年转移率5%，并且发现有转移之后再去做手术，也没观察到有术后再次转移发生。所以手术不需要那么积极，造成过度医疗。而对于手术是全切还是部分切除也是存在争议。
分化型甲状腺癌的标准治疗流程：手术全切或近全切—放射性碘治疗进行残余病灶清除—左旋T4药物进行10年以上的TSH抑制治疗—1年内全身扫描和Tg检查。术后TSH抑制治疗：有转移的，要求TSH控制在0.1-0.5。没有转移的控制在0.5-1.0。术后除了查甲功，还要随访CEA等肿瘤标志物，至少要查一次血钙、甲状旁腺激素（PTH）水平，明确手术中很容易受损伤的甲状旁腺有无受到影响，甲状旁腺关系到人体血钙、血磷水平的调节。
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