1.甲状腺功能
促甲状腺素（TSH）
TSH在垂体前叶的特异性嗜碱细胞内生成，垂体释放TSH是机体发挥甲状腺素生理作用的中枢调节机制。可刺激甲状腺素的生成和分泌，并有增生效应。TSH检测是查明甲状腺功能的初筛实验，游离甲状腺素浓度的微小变化就会带来TSH浓度向反方向的显著调整。因此，TSH是检测甲状腺功能非常敏感的特异性指标，特别适用于早期检测或排除下丘脑—垂体—甲状腺调节系统的功能紊乱。
游离三碘甲状腺原氨酸（FT3）
总三碘甲状腺原氨酸大部分与转运蛋白结合。游离三碘甲状腺原氨酸（FT3）是三碘甲状腺原氨酸（T3）的生理活性形式。FT3对甲亢的诊断很敏感，是诊断T3型甲亢的特异性指标，且不受结合蛋白浓度和结合力改变的影响。
游离甲状腺素（FT4）
FT4是T4生理活性形式，是甲状腺代谢状态的真实反映。FT4测定的优点是不受结合蛋白浓度和结合特性变化的影响。当怀疑甲状腺功能紊乱时，FT4常和TSH联合测定。此外FT4测定也用于甲状腺抑制治疗的监测。
三碘甲状腺原氨酸（T3）
T3是甲状腺激素对各种靶器官作用的重要激素，主要在甲状腺以外，大部分在肝脏由T4经脱碘生成。因此，T3浓度反映甲状腺对周边组织的功能甚于反映甲状腺的分泌状态。T3是查明早期甲亢，监控复发型甲亢的重要指标。
甲状腺素（T4）
T4是甲状腺分泌的主要产物，也是构成下丘脑—垂体—甲状腺调节系统不可缺少的成分。T4与甲状腺球蛋白结合贮存于甲状腺滤泡的残腔中，在TSH的调节下分泌释放。T4测定可用于甲状腺机能亢进的诊断，原发性和继发性甲状腺机能减退的判定和TSH抑制治疗的监测。
甲状腺球蛋白测定/TG
TG被认为是甲状腺体形态完整的特殊标志物，甲状腺滤泡壁破损可导致大量的TG进入血液。甲状腺滤泡状腺癌：除肿瘤破坏甲状腺组织释放TG外，细胞本身也可能分泌TG，因此，血TG明显升高。甲状腺癌手术或放射性能碘治疗后，血TG升高表示复发或转移；急性甲状腺炎：在急性期，由于甲状腺滤泡破裂，胶质内甲状腺球蛋白逸入间质，进入循环，导致血清TG升高，在疾病发展过程中或病情反复时，血清TG与血沉有良好的正相关；其他的良性甲状腺疾病：如甲状腺腺瘤，囊性肿块，甲亢，慢性淋巴性甲状腺炎时由于胶质中的TG升高进入到血循环中，TG也升高。甲状腺髓样癌：系甲状腺C细胞的肿瘤，故血TG正常或降低。
甲状腺球蛋白抗体测定/TGA
甲状腺球蛋白抗体是甲状腺滤泡胶质内的TG进入到血液后产生的抗体，甲状腺自身抗体的测定主要用于对自身免疫性甲状腺炎疑似病人的诊断。甲状腺过氧化物酶（TPO）自身抗体与TG自身抗体的同时升高便可诊断为萎缩型自身免疫甲状腺炎或者肥大型自身免疫甲状腺炎，即甲状腺淋巴腺肿（Hashimoto氏病）。特别地，当TPO自身抗体不能被检测出来时，建议测定甲状腺球蛋白自身抗体。但是，在高达20%的非自身免疫甲状腺疾病以及健康人中，甲状腺球蛋白自身抗体测试也可能会得到阳性结果（TG抗体效价低）。
慢性淋巴甲状腺炎病人约80%明显升高，60%Graves病人也升高，甲状腺癌和亚急性甲状腺炎的阳性率达30%和46%。某些非甲状腺疾病如类风湿疾病、红斑狼疮等也可阳性，正常人也有2%-10%出现阳性，特别是女性和老年人。
甲状腺微粒体抗体测定/TMA
甲状腺微粒体抗体（TMA）甲状腺微粒体抗体是由甲状腺微粒体的TM刺激产生,此种球蛋白可进入血循环，成为一种特异性抗原，产生特异性的高滴度抗体。
慢性淋巴甲状腺炎:阳性率达70%-95%,特别是无症状的慢性淋巴细胞性甲状腺炎,可仅有TMA升高,故TMA测定尤为重要。
Graves病:TMA可中度升高,阳性率达50%-85%。服用抗甲状腺药物病情好转者,其滴度逐步下降,其下降速度与TSH受体抗体活性相平行。
亚急性甲状腺炎:低度阳性。
某些慢性疾病：如慢性肝炎，全身播散性红斑狼疮，长期慢性感染患者等，血清中也检测出TMA。
促甲状腺激素受体抗体测定/TRAb
甲状腺机能亢进是一种多发病、常见病。格雷氏（Graves）病是甲亢的一种最常见类型，是临床多见的自身免疫性疾病。患者体内常存在以甲状腺细胞膜促甲状腺素（TSH）受体为抗原的自身抗体，这种抗体具有多样性，既有刺激甲状腺功能的刺激性抗体I（TSI）和促进细胞增生的促生长免疫球蛋白I（TGI），也有作用相反的抑制性抗体。大约80%～%的毒性弥漫性甲状腺肿病人血清中可以测到这种抗体，而在其他类型的甲亢病人这种抗体则很少被测到。因此测定TRAb对鉴别各种类型的甲亢具有很高的价值，也用于对于甲亢治疗中的疗效评价。TRAb阳性存在说明甲亢是由于自身免疫引起而不是毒性结节性甲状腺肿引起的。如Graves病人在抗甲状腺药物治疗期间TRAb浓度常明显下降，药物治疗后TRAb低浓度或消失提示病情缓解，可考虑终止治疗。怀孕最后三个月期间测定TRAb，对于评估新生儿甲状腺疾病危险程度非常重要。
抗甲状腺过氧化物酶抗体\Anti-TPO
抗甲状腺过氧化物酶抗体（Anti-TPO）：甲状腺过氧化物酶（TPO）位于甲状腺上皮细胞的顶端细胞膜上，直接参与甲状腺细胞中碘的氧化、酪氨酸的碘化及碘化酪氨酸的偶联等。它是甲状腺激素合成过程中的关键酶。Anti-TPO作为AITD一种主要的自身抗体，可通过激活补体、抗体依赖细胞介导的细胞毒作用和致敏的T杀伤细胞直接杀伤等作用机制，引起甲状腺滤胞损伤，间接的抑制甲状腺素的合成，导致甲状腺功能减退的主要机制。
桥本甲状腺炎（HT）Anti-TPO阳性率可达90%，弥漫性毒性甲状腺肿（GD）和特发性甲低Anti-TPO阳性率可达60%～70%左右，明显高于非AITD患者。与TGA、TMA相比Anti-TPO更具临床意义。高滴度的Anti-TPO对HT有较高的诊断价值。
Anti-TPO的持续存在，对GD和HT有提示预后的意义，即此类HT易发生甲减;而GD在碘-治疗或手术后较易出现甲减。
提示GD病人在采用磺-治疗时，若Anti-TPO阳性要注意减少其用量。AITD患者药物治疗前及治疗中Anti-TPO阴性者，停药后其复发率高于Anti-TPO阳性者。在治疗过程中，若Anti-TPO由阴转阳，提示甲状腺疾病复发。
产后甲状腺炎、萎缩性甲状腺炎，Anti-TPO可呈阳性,部分结节性甲肿患者Anti-TPO
也可呈阳性,其它自身免疫性疾病，如类风湿性关节炎等Anti-TPO亦可呈阳性结果。
2.肿瘤标志物
肿瘤相关抗原（CA）
CA主要用于已接受首次治疗考虑二次治疗的卵巢癌患者其癌组织残留或复发的判定。持续升高与进行性恶性或治疗效果不佳有关，而水平下降则提示治疗有效及预后良好。CA升高还可见于子宫内膜癌、乳房癌、胃肠道癌、肝硬化、肝炎、多种妇科良性疾病、妊娠早期等。CA的特异性不高，却是目前用于监测卵巢癌患者治疗效果及观察疾病发展的最重要指标。
肿瘤相关抗原15-3（CA15-3）
CA15-3是监测乳腺癌患者特别是癌转移患者术后情况的重要指标，水平异常升高提示乳腺癌的局部或全身复发。CA15-3与CA联合检查，用于卵巢癌复发的早期诊断，与CEA联合检测，可提高乳腺癌早期诊断的敏感性和特异性。
肿瘤相关抗原19-9（CA19-9）
CA19-9测定有助于胰腺癌（敏感性70%-87%）的鉴别诊断和病情监测测定值高低与肿瘤大小无关，但是高于00U/ml时，几乎均存在外周转移。对于肝胆管癌，CA19-9诊断的敏感性为50-75%，对于胃癌，建议与CA72-4、CEA联合检测。某些患者轻微的胆汁郁积便可导致CA19-9明显升高，胃肠道、肝的多种良性和炎症病变也可使CA19-9升高。
肿瘤相关抗原72-4（CA72-4）
CA72-4在检测残余肿瘤时很有价值，此外，此监测特别有助于胃癌和卵巢癌的治疗监测。CA72-4最主要的优势是其对良性病变的鉴别诊断有极高的特异性。CA72-4与CA联合检测，作为诊断原发性及复发性卵巢肿瘤的标志，特异性可达%。CA72-4与CA19-9联合应用与胃癌的检测。
非小细胞肺癌相关抗原21-1（Cyfra21-1）
Cyfra21-1是非小细胞肺癌最有价值的血清肿瘤标记物，尤其对鳞状细胞癌患者的早期诊断，疗效观察。预后监测有重要意义。Cyfra21-1也可用于监测横纹肌浸润性膀胱癌的病程，特别是对预计膀胱癌的复发具有一定价值。
神经元特异性烯醇化酶（NSE）
NSE是监测小细胞肺癌的首选标志物，60-81%的小细胞肺癌患者NSE升高。NSE也可作为神经母细胞瘤的标志物。对该病的早期诊断有较高的临床应用价值。
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